BioRuby には Bio::Blast というクラスがあり、リモート / ローカルの Blast を動かすことができる。
しかし、自分の手元でローカルの Blast を動かそうとしたところ、うまくいかなかった。
原因と思われるところを記録する。
検証環境は以下の通り。
$ blastp -version
blastp: 2.12.0+
Package: blast 2.12.0, build Jun 4 2021 03:22:54
$ ruby --version
ruby 3.0.1p64 (2021-04-05 revision 0fb782ee38) [x86_64-linux]
$ gem list | grep bio
bio (2.0.2)
どうでもいいが、 --version や -v、 -V では無いのがなんだかなあという感じ。
- エラー内容
/home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/command.rb:312:in `popen': No such file or directory - blastall (Errno::ENOENT)
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/command.rb:312:in `_call_command_popen_ruby19'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/command.rb:240:in `call_command_popen'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/command.rb:478:in `query_command_popen'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/command.rb:444:in `query_command'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/appl/blast.rb:487:in `exec_local'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/appl/blast.rb:367:in `query'
from exercise10.rb:23:in `block in <main>'
from /home/mochi/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.0.1/lib/ruby/gems/3.0.0/gems/bio-2.0.2/lib/bio/io/flatfile.rb:336:in `each_entry'
from exercise10.rb:15:in `<main>'
エラー本体は popen': No such file or directory - blastall (Errno::ENOENT) とある。
リポジトリを見ると、こんなコードである。
def _call_command_popen_ruby19(cmd, options = {})
# For Ruby 1.9 or later, using command line array with options.
dir = options[:chdir]
cmd = safe_command_line_array(cmd)
if dir then
cmd = cmd + [ { :chdir => dir } ]
end
r = IO.popen(cmd, "r+") do |io|
yield io
end
return r
end
private :_call_command_popen_ruby19
IO.popen でプロセスを open している。
どうやらこの cmd に blastall が入り、コマンドが存在しないのでエラーになるようだ。
# returns an array containing NCBI BLAST options
def make_command_line_options
set_options
cmd = []
if @program
cmd.concat([ '-p', @program ])
end
if @db
cmd.concat([ '-d', @db ])
end
if @format
cmd.concat([ '-m', @format.to_s ])
end
if @matrix
cmd.concat([ '-M', @matrix ])
end
if @filter
cmd.concat([ '-F', @filter ])
end
ncbiopts = NCBIOptions.new(@options)
ncbiopts.make_command_line_options(cmd)
end
# makes command line.
def make_command_line
cmd = make_command_line_options
cmd.unshift @blastall
cmd
end
cmd に対して Bio::Blast.local の引数の blastp が入り、['-p', 'blastp'] unshift で先頭に追加されている。
blastall
軽く検索をするとBLAST 利用法 | スーパーコンピュータ | ヒトゲノム解析センターがヒットする。
このページは現在メンテナンスされていない Legacy BLAST の説明を記載しています。Legacy BLAST ではなく BLAST+ を使用することを推奨します。
と記載されている。
加えて、執筆時点の NCBI が提供している blast の ftp には blastall のコマンドは収録されておらず、 blastp が収録されている。
このことから、昔のコマンド実行方法がハードコードされており、 blastp への変更に追従できていない と結論づけた。
これを後方互換性をもたせたまま修正しようとすると blastall が実行可能であれば blastall -p ~ を実行、 blastall は無いが blastp が実行可能であれば blastp ~ を実行するのが良いのだろうか？